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RNA sequencing
RNA免疫共沉淀測序(RIP seq)
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 18473 次瀏覽 | 分享到:


        RNA
免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP )是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具,能幫助我們發現miRNA的調節靶點。 RIP這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經過分離純化獲得結合在復合物上的RNA,再通過高通量測序實現對目的RNA的信息分析。RIP技術與高通量測序的結合,能幫助研究人員更好的了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

技術路線

 

圖釋:RIP-sequencing實驗流程(Zhao et al.  Mol Cell,2010

樣本要求

        樣品類型:RIP實驗分離的RNA樣品

        物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)

        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

測序方案

        測序模式PE150

        測序數據量10Gb

生物信息分析內容

        1 原始數據質控檢查

        2 比對結果質控檢查

        3 測序reads全轉錄組分布圖

        4 富集基因的鑒定及定量

        5 富集基因表達及相關通路分析

        6 富集環狀RNA的預測及鑒定

        7 富集環狀RNA宿主基因的通路分析
        
8 富集長鏈非編碼RNA表達分析



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